回族是回回民族的简称，是由中国国内以及国外的多种民族成份在长时期历史发展中形成的民族。 清军入关之初，在各地实行剃发、圈地等强暴措施，遭到汉、回各族人民的共同反抗。在湖北，“老回回”这支回族农民武装在同李自成、张献忠坚持十多年的反明起义之后，现在又投入到抗清洪流中来。在山东，东昌府（今聊城）、济宁州等地的回回兵，崇祯末即参加城守，给清军以有力抗击。在广州，羽凤麒、之浮、马承祖三个回族将领，因坚持抗清而牺牲，被称为“教门三忠”。在云南，有不少回族人参加南明政权，后来在桂王退入缅甸的时候，曾有一部分跟随桂王的回民，被阻于腾越、保山一带，以“明”为姓，用以表示怀念先朝和对清的不甘屈服。在回民聚居的陕甘地区被清军占领后，反清起义仍然此伏彼起，其中顺治五年（48）以回族米喇印、丁国栋为首的甘州起义规模最大，他们在“反清复明”的口号下，拥出明延长王朱识作号召，转战于甘肃各地达两年之久，山陕一带为之震动。 甘州起义被镇压之后，清朝兵科左给事中郝壁向清廷献策，建议清廷趁兵威之下，于各府、州、卫五六十里之外，“或有屯堡僻阒之地，子女族党另行安置。勿令养马，勿藏兵器”，并且还要让回回的“掌教一人主之。制其出入，一意耕牧所原有田产，以消其犷悍之性”，这还不够，“仍听司道等官不时察勘。庶衅无由启，久自敉平，实民与回两便之道”。他的建议集中反映了清朝封建官吏们对回族的极端敌视。 在政策上，清朝统治者没有把伊斯兰教像白莲教那样禁止，采取允许存在而又多方歧视和严加防范的政策。在法律上，三个以上的回回持兵器走路要罪加一等；流徙罪，普通犯人可以申请留养，回回则不得申请；并且还规定流徙地点不得在甘肃等回回聚居的地区；对于回回的定罪、施刑也比一般犯人重，回回罪犯刺字时刺“回贼”二字，以示污辱。 乾隆四十六年（1781）和四十九年（1784），先后发生了甘肃循化（今属青海）撒拉族苏四十三和通渭石峰堡回民田五领导的两次反对地方官府的起义，清廷派大军剿洗，并利用新教、旧教矛盾，采取“赦一剿一，以分其力”的以回制回策略，起义遭到残酷镇压。清陕甘总督以这两次事件为借口，在乾隆五十四年发布告示，禁止回民信奉新教，禁止汉民信奉伊斯兰教，禁止回民抱养汉民的婴儿，并禁止添造礼拜寺。苏四十三事件后，清廷将苏四十三的首级“传示各省回民居住地方，每处悬示数日，使之共知儆戒”，接着，清廷将陕西提督由西安移到固原，固原总兵移到河州（今临夏），加强了对回民聚居地区的兵力部署和控制。 甘肃回民的反抗和被镇压，影响及于全国，各地官府都在奉旨盘查“余党”、“邪教”和搜查违碍书籍，为此还兴起了迫害回民的两次文字狱。第一次乾隆四十六年六月，西安回民马中杰、马广文前往归化城（今呼和浩特）途中，在山西灵石被查获书信一包，只因信内有“掌教”名目，于是惊动山陕，如临大敌，以为又是别立邪教煽惑回民者。马中杰被解回西安，由署理陕西巡抚毕沅就近审理。经再三严审，掌教名目早已有之，并无别情。乾隆帝下谕，不得不承认“所办其属过当，殊不解事”。这种压迫和挑拨在西北各地的积累和扩大，成为以后回民大规模自卫抗争之政治的、历史的主要原因之一。 第二年，乾隆四十七年五月，发生了影响更大的又一次文字狱。在广西桂林查出广东崖州三亚村回民海富润携带的刘智《天方至圣实录年谱》等汉文著述及阿拉伯文、波斯文伊斯兰教经籍多种。敢称“实录”，被认为是“僭妄”，海富润被捕下狱，广西巡抚朱椿一面飞咨有关各省查办，一面申奏朝廷。此案波及广西、湖北、江苏、安徽、云南、广东数省，著书人、作序者、送书人、译刻者、藏版人等，牵连众多，一大批回民人家和礼拜寺被搜查，弄得回民人人自危。乾隆帝知道此案又办理过严，下诏说甘肃的新教是邪教，已经办净根株，“至于旧教回民，各省多有”，“其平日所谓经典，亦系相沿旧本，并非实有谤毁显为悖逆之语”。但诏书又指出；这次查出的“书内字句大约俚鄙者多”，“此等回民愚蠢无知，各奉其教，若必鳃鳃绳以国法，将不胜其扰”。这样的上谕仍然重申了对新教的镇压，默认了对宗教书籍的搜查和对回民的歧视，只是担心查办过严将不胜其扰而已。诏书还提到对山东王伦和甘肃王伏林等起义的镇压，有回民参加，这也正是清统治者对回族兵将加以利用的一面。
在清代，回族中当兵吃粮和担任武将的确实不少，如哈元生、哈攀龙、哈国兴、冶大雄、许世亨、马建纪、江长贵等都曾任提督、总兵之类的官职，后来同治年间马新贻，竟坐上了两江总督和办理通商事务大臣的高位。这只不过是少部分人的被利用，绝不说明回族政治地位有任何提高。相反地，随着民族矛盾的不断激化，回族中酝酿着更大规模的抗清风暴。 以农为主农商工兼营清代有较长时期处于相对安定的环境，由于停止圈地、鼓励垦荒、兴修水利、盛世滋丁永不加赋等政策的施行，中国的封建经济又逐渐呈现出一个由恢复到发展的局面，回族的经济、文化这一时期也同样有较为明显的发展和变化。 各地回族的人口在繁衍，生产在发展。乾隆四十六年署理陕西巡抚毕沅的奏折提供了有关陕西回民的综合情况，很有代表性。毕沅说：“查陕省各属地方，回回居住较他省为多，而西安府城及本属之长安、渭南、临潼、高陵、咸阳及同州府属之大荔、华州，汉中所属之南郑等州县，回民多聚堡而居，人口更为稠密。西安省城内回民不下数千家，城中礼拜寺共有七座。西安回民大半耕种、畜牧及贸易经营，颇多家道殷实及曾任武职、大小员弁及当兵、科举者。”在甘肃，东部宁夏至平凉，回民村寨林立，西部以河州、西安为中心。延伸到河西及南部清水、张家川等地，也都是回民聚居的地方。内地河南、安徽北部及山东、河北的沿运河两岸，回民散居其间。而云南，在东部发展了昭通、会泽、巧家，在西部发展了大理、保山、剑川等回回村镇。 清代前期回族农业生产的发展，首先在垦荒事业和农田水利事业的发展上较为突出。顺治甘州事变后由河西逃往西宁府的大批回民，在白塔儿（今大通）等地辟建新的村寨，至乾隆时“开田立舍”已经“累至万户”。巴燕戎厅（今化隆）很多村庄是回民新设。西宁北川营，回民、汉民杂居，“筑高屋、庄田、水磨、斗车、种麦、豆、青稞”，向当地蒙古贵族领取耕牛和籽种，每年交纳实物地租。在新疆哈密、伊犁、乌鲁木齐、昌吉等地，乾隆后期回民同汉民一起由陕甘来这里垦荒，做出成绩。清代前期山东、河北回民陆续到东北、内蒙垦荒和经商、开辟了新的居住区。继元明之后各地回民在农田水利事业上不断做出成绩，在宁夏，回民、汉民一起兴修了大清、惠农、七星、昌润等渠道，汉延、唐徕等古老渠道也进行了整修和扩展。“黄河万里富宁夏”的赞誉是历史上回、汉各族人民兴办黄河水利并同“河崩沙压”等自然条件作顽强斗争和辛勤劳动换来的。云南，经过元明数百年的经营，回民多占有水利条件较好的地方，在新兴（今玉溪），水利灌溉条件好，可以引水上行，回民居住之处“田地最饶，赤旱不荒”.峨县（今峨山）汉民同河西县回民联合兴修水利，仅河西县就有数千亩回民良田受益，体现了回汉团结的情谊。
在河南，回民较多的开封地区道光二十一年（1841）黄河决口，河南及安徽两省五府二十三州县都遭淹没，开封被洪水围困八个月，全城回、汉族百姓的生命财产受到严重威胁，官府束手无策。在一次险情万分紧迫时，有回民夫役七百余名和四街商民“赴工效力，不领价值，踊跃争先，大呼奋激，始能抢筑妥协”，为了抢险护城，不少回民把自己家中棉衣、棉被甚至把家中和清真寺房上的砖石拆来修堵，抢险中有十几名回族青年献出生命。清河南巡抚牛鉴也深受感动，奏请朝廷，利用河工料物重修了清真东大寺，并赐以“护国清真”匾额，以示尊崇，这件事充分体现了回、汉族人民同舟共济与自然搏斗的共同命运。 由于地理条件的不同，各地回民在发展中也表露出很大的不平衡性。在土地肥沃、水利条件较好的地方，勤苦耐劳的回族农民可以达到生产发展，生活富裕，家给人足。道光八年（1828）回族学者蒋湘南在《西征述》中称：“宁夏水利、盐池、壤沃人满，远近郊村，林緉联络，不与江淮”，这是宁夏川区回、汉族农民惨淡经营下的富裕景象。在关中，道光初渭南有三千户回民，他们“地处肥饶，尚属安业”。云南回族在“嘉道间最称富庶”。永昌，膏腴之地多为回民所有；新兴，回民并不多，但“世居坝头，固得形势，因而富贵沿为首”。占有膏腴土地的回民毕竟只在少数地区。多数是占有山地、沙地、河边地、盐碱地，回民聚居的甘肃东部六盘山区（今属宁夏）、河北沧州、盐山地区，都属于这样的贫瘠之乡。但尽管自然条件恶劣，回族人民也能适应环境，勤奋进取，根据不同环境开展多种经营。 中国封建社会经济结构的传统特点是自给自足的自然经济，回族农村经济也不例外，但是回族农业经营又有它的特点，就是不单纯依赖于农耕，不单纯依赖于生产粮食。回族农民善于搞多种经营，注意发展商品生产和商品流通，表现出一种勤奋、进取的活力。各地农村回民因地制宜发展经济作物兼营畜牧业、运输业或者手工业、商业者颇为普遍。在大荔和蒲城、富平、临潼、渭南之间的沙苑地区，回民根据沙地特点，“树而不田”，“沙地，不宜种麦，向植枣、梨、瓜、豆”，这里“羊冠全省，蒺藜甲天下”。沙苑的西瓜更为著名，乾隆时大荔郡守张奎祥有《苏村瓜》诗：“苏村瓜、大如斗，一瓜粟数升，十瓜钱盈缶。亩可数百及千瓜，胜种麦豆葱与韭”。回族农民就是这样因地制宜，经营经济作物，使农产品商品化，为发展商品生产作出贡献。内地及云南回族中都有这种情况。河南清化镇（今博爱）是回民聚居的村镇，这里“自太行下流泉交汇，最宜竹，居人以艺竹为业，有数十亩者，翠篠垂阴，旅游忘倦”。棉花种植业和棉布业在不少城乡中兴起。河南孟县“桑坡村为回民聚居之所”，孟县由于负山滨河，人多地狭，“通邑男妇唯赖纺织营生糊口”，“取给于纺织棉布之值，是以傭而代租”。 当时“孟布”驰名远近，“自陕甘以至边墙一带，远商云集，每日城镇市集收布特多，车马辐辏，厘市填咽，诸业毕兴，故人家多丁者有微利，而巷陌无丐者，盖商民两得其便”。这已经超出了男耕女织的自然经济的范畴，农产品的商品化程度已相当高，并为社会人口提供广泛而多样的生活门路。小农自然经济向商品经济的转化是明清时期农村经济关系的重要变革。各地回族农村不仅适应这一变革，而且往往走在这一变革的前列。云南回族农村就是走在变革前列而著称的一批富裕农村。腾越回民“富坚忍性，精悍英发，善营商业。嘉道间最称富庶”。楚雄府广通县罗川地方“土沃回多”，“气候温热，土地肥沃，水量丰足，产蔗糖、棉花。回人习劳耐苦，屡世相传，人足家给，储藏充裕”。从回民、汉民生产对比上，也可以看出回民擅长经营的特点。咸丰初，一个监察御史向清廷反映，云南“幅员辽阔，汉回杂处”，“汉民质朴，耕种为生。回则善于经营，兼以贸易致富”。云南的情况在各地回民中是颇有代表性的。